| 直感的な操作によるパスウェイの作成。 |
 | ベクター形式 (SVG) で作成されたアイコン。 |
 | パスウェイモデル上の変数、パタメータを表で一括管理。値の変更が容易に。 |
 | シミュレーションのステップ実行が可能。またアニメーションと平行させた実行も可能。 |
 | シミュレーション時における変数値をパスウェイ上に表示可能。 |
 | シミュレーション時におけるパスウェイ流量をアニメーション化可能。（離散過程のみ） |
 | シミュレーション時における変数値を時系列グラフにより表示。シミュレーション結果は CSV 形式での出力やクリップボードへのコピーが可能。 |
 | セルイラストレータプレーヤによるシミュレーション結果のリプレイ機能。 |
 | シミュレーション履歴ダイアログにより過去のモデルやシミュレーション結果へのアクセスが可能。 |
 | セルアニメータによりシミュレーション結果をアニメーションとして描画可能。サンプルとして、セルイラストレータを用いて作成された生化学モデルが付属。 |
 | SBML および CellML ファイルのインポート。 |
 | 外部データベースとの連携。 |
 | 遺伝子ネットワークモードによるネットワーク解析。 |