セルイラストレータは大きな区分では次の機能を持っています。
これらのことが、統合されたウィンドウ表示によってデスクトップで行うことができます。
セルイラストレータでは、生化学に携わる方々が包括的に視覚化されたアイコンを使用しながら、複雑な生化学反応のネットワークを描くことができます。ネットワークのダイアグラムは、ゼロから描き上げることもできますが、TRANSPATH のようなパスウェイデータベースを検索し、その検索結果をつなぎ合わせながら描くこともできます。作成されたダイヤグラムは、研究者の知識を整理したものとなり、構造的に複雑でダイナミックな相互作用とプロセスに支配される化学物質間の関係やそれらのネットワークの理解に新たな知見を見出すことでしょう。
視覚的に理解可能なペトリネットに基づくモデリングデザインと直感的ユーザーインターフェイスによって、セルイラストレータは生物学者、生化学者そしてライフサイエンスに従事する多くの研究者にとってすぐに使うことができるツールになっています。描き上げだダイアグラムはのシミュレーションモデルへの拡張はどのツールよりも簡単に行うことができます。もちろん学生の皆様にも学習・研究目的ともに扱いやすいツールになっています。